Когда же Муратова находится по каким-то житейским обстоятельствам в подавленном состоянии, то это отражается на ее работах. Особенно это было ощутимо в период создания «Среди серых камней». Были свои причины, по которым в этом фильме Муратова отказалась от авторства и демонстративно взяла мужской псевдоним Иван Сидоров. Но, фигурируя в этом качестве, она здесь наиболее не равна себе. «Три истории» – тоже особо мрачная картина. Муратова была права, говоря, что ничего особенного не изобрела, а жизнь еще хуже, чем мы ее показываем. Но «Три истории» сделаны абсолютно равнодушно, нейтрально. И этот тон задан в самом начале, когда герой Сергея Маковецкого проходит мимо зоопарка. Если в фильме и есть какое-то любопытство художника, то как у посетителя кунсткамеры или зоопарка. И в гениальном аттракционе, когда кошка мучает курицу, чувствуется равнодушное наблюдение со стороны, чего не было у Муратовой раньше, даже в самых мрачных ее картинах.

«Главное достоинство картины «Второстепенные люди» (2001) – отсутствие каких бы то ни было компромиссов и иллюзий. А религия, судя по высказываниям Муратовой, всегда представлялась ей именно компромиссом, утешением – суррогатом, иными словами. Нет, Муратова по-прежнему не ищет выхода, отметает существование каких-то высших смыслов происходящего и ни от чего не отводит глаз». (Быков, Д. Будет жить // Искусство кино. – 2001. – №6).

«Привыкнув к радикальности Киры Муратовой, как к рутине, мы перестали удивляться ее фильмам. Но «Чеховские мотивы» (2002) ошарашивают. Своей прозрачностью, сложностью, неожиданной кантиленой. И все это, несмотря на знакомые ужимки персонажей, откровенную пародийность и механистичность фирменных приемов. При этом общее настроение картины, ее стилистические перепады, замирания-паузы, чередующиеся со скандалами-взрывами, карнавальная зрелищность, внебытовой лиризм и бытовые ритуалы задают непривычный угол зрения. Необычный для поздней Муратовой способ смотрения. Долготу и нерв формы. Тягучий ритм и игривость». (Абдуллаева, З. Сарай или магазин // Искусство кино. – 2002. – №11).