Всемирно прославившийся режиссер тем не менее оставался в вынужденном простое. Его работа над фильмом «Киевские фрески» была прервана. В 1967 г. Параджанова приглашают на Ереванскую киностудию, где он работает над фильмом «Цвет граната» («Саят-Нова») – картиной о великом армянском поэте, речь в которой идет скорее о жизни духа, нежели о внешних событиях биографии. Здесь киноязык Параджанова значительно обновляется. «Цвет граната», подобно поэзии, изъясняется метафорами. Кадры обретают почти полную статику, отчего малейшее движение внутри них воспринимается как событийный взрыв. Предметы, представляющие подлинную историко-этнографическую ценность, работают наравне с актерами. Язык цвета обретает еще большее значение, хотя цветовая гамма становится более лаконичной. Каждый кадр содержит максимум смысловой информации, и считывание этого насыщенного содержания требует от зрителя немалой культуры.

В 1974–1977 гг. Параджанов находился в заключении, куда этот «неудобный», конфликтный человек был отправлен по умело составленному обвинению. С просьбой об освобождении режиссера обратился к Л. И. Брежневу Луи Арагон, только после этого удалось вытащить Параджанова с зоны. После возвращения Параджанов работал на киностудии «Грузия-фильм», где совместно с Д. Абашидзе поставил «Легенду о Сурамской крепости» (1984). В основе картины – грузинское предание о юноше, замуровавшем себя в стены крепости. Язык нового шедевра Параджанова, развивая найденное в «Цвете граната», стал еще более изощренным.

В 1986  г. Параджанов снимает документальный фильм «Арабески на тему Пиросмани». В «Ашик-Керибе» (1988, по сказке М. Ю. Лермонтова) Параджанов подтвердил репутацию уникального мастера, но фильм в основном повторял уже пройденное режиссером. После этого Параджанов занимался художественным коллажом, в искусстве которого не знал равных. Он умер в Ереване в начале работы над автобиографической картиной «Исповедь». Похоронен в Ереванском пантеоне.