Училась в 1952–1953 гг. на филологическом факультете МГУ.               В 1962 г. окончила ВГИК (мастерская С. А. Герасимова). Уже в самых ранних (более традиционных, реалистических, даже бытовых) картинах Муратовой – дипломная работа «У Крутого Яра» (1962) и первая полнометражная лента «Наш честный хлеб» (1965), обе сделаны в соавторстве с А. Муратовым) – теперь не без изумления можно обнаружить немало примет личного муратовского стиля. Это свидетельствует о том, что Муратова в своем творчестве, несмотря на видимую разнородность своих работ, остается удивительно цельным художником и, может быть, единственная из этого поколения наших кинематографистов, сохраняет вкус новизны и новаторства, неожиданного подхода к материалу.

Ее первый самостоятельный фильм «Короткие встречи» (1968, Муратова также исполнила в нем главную женскую роль) во многих смыслах является переходным, избавляющимся от необходимости фабульного, линейного и психологически заданного повествования благодаря включению внесюжетных лирико-поэтических отступлений, а также из-за более явного пристрастия режиссера к отстраняющим приемам как изобразительного, так и словесного плана.

Потом в специальном постановлении ЦК компартии Украины относительно картины «Долгие проводы» (1971, ее выпуск был приостановлен, появилась на экранах только в 1987, премия ФИПРЕССИ на Международном кинофестивале в Локарно) это будет названо формализмом и идолопоклонством, подражанием западным режиссерам, начиная с Антониони и кончая чешской «новой волной» (Милош Форман и Вера Хитилова).

Она всегда стремилась обнаружить свежим и острым взглядом в окружающем мире то, что в нем не замечают другие. В годы застоя Муратова преследовалась исключительно за то, что ни она сама, ни ее герои никак не могли вписаться в тогдашние представления о том, какие же должны быть люди на экране. По сравнению с работами среднего («Познавая белый свет», 1979; «Среди серых камней», 1983; «Перемена участи», 1987) и позднего периодов («Астенический синдром», 1989, премия «Ника»; «Чувствительный милиционер», 1992; «Увлеченья», 1994, премия «Ника»; «Три истории», 1996) две первые ленты Муратовой «Короткие встречи» и «Долгие проводы» производят редкостное ностальгическое впечатление, как будто (в первую очередь это относится к «Долгим проводам») начинаешь воспринимать их как собственную биографию. Мелодрама на тему «мать и сын» о неизбежной разлуке и желании ее отодвинуть как можно дальше порождает подспудное ощущение конца эпохи, безысходности и вселенской тоски.